Apodado Terminator, Bosco Ntaganda ha estado metido de lleno en el conflicto congoleño desde 1999, cuando combatió del lado de los rebeldes apoyados por Ruanda durante la guerra múltiple en la que estaban involucrados ocho países africanos.
En 2006 la Corte Penal Internacional (CPI) decretó una orden de detención que hizo pública en 2008, por crímenes de guerra que consistían en el alistamiento, reclutamiento forzoso y utilización activa de niños menores de 15 años para actividades militares.
En 2002 y 2003 fue jefe de operaciones militares de la Unión de Patriotas Congoleños (UPC) en la provincia de Ituri. En 2006 se convirtió en jefe del Estado Mayor del Congreso Nacional para la Defensa del Pueblo (CNDP), al que se responsabiliza de actos violentos contra civiles en las regiones orientales del país.
Un alto el fuego entre varias facciones congoleñas ha hecho resurgir los llamamientos para que se entregue a Ntaganda, pero hasta el momento los líderes del CNDP se han negado, afirmando que las autoridades deberían centrarse en llevar a peces más gordos ante la justicia.