Cyprien Ntaryamira fue el presidente más transitorio de la historia de Burundi al dirigir el país durante dos meses, entre febrero y abril de 1994. Miembro del Frente para la Democracia en Burundi (Frodebu), el 22 de enero de 1994, a los 38 años, fue investido presidente con la ayuda de la ONU y de la OAU, sustituyendo en el cargo a Melchior N’Dadaye, de cuyo gobierno era ministro de Agricultura.
El 6 de abril de 1994, el presidente Cyprien Ntaryamira moría en compañía de Juvenal Habyalimana, presidente ruandés, en un accidente de avión provicado por el lanzamiento de un misil, sin que nunca se esclareciera el hecho.
Su breve paso como jefe de gobierno, sin embargo, tuvo el mérito de abrir la crisis política burundesa a los esfuerzos de mediación de la comunidad internacional. Se ignoran hasta la fecha las circunstancias exactas y los verdaderos culpables del atentado que precipitaron las masacres generalizadas en Ruanda que desembocaban en un genocidio de más de 800.000 tutsis y hutus moderados.
Ntaryamira había nacido en la comuna de Mubimbi en la zona de Mageyo, que forma parte de la provincia de Bujumbura Rural, en lo que entonces era el territorio del que las Naciones Unidas habían hecho responsable a Bélgica en régimen de fideicomiso. En 1972, tras una fallida rebelión hutu tuvo que dejar el país, al igual que otros miles de ciudadanos de esa etnia.
En 1982, Ntaryamira se graduó en agricultura por la Universidad Nacional de Ruanda en Kigali. En este periodo se hizo políticamente activo en movimientos socialistas. Volvió a su país natal en 1983 para trabajar como funcionario agrícola. Fue preso político bajo el régimen del coronel Jean-Baptiste Bagaza por un breve periodo en 1985.
En agosto de 1986 fue miembro fundador y director de política económica del partido Frente para la Democracia en Burundi (Frodebu), dominado por hutus. El Frodebu alcanzó el poder tras las primeras elecciones democráticas en 1993, lo que acabó con una larga historia de gobiernos de la minoría Tutsi y la Unión para el Progreso Nacional (Uprona). El nuevo presidente Melchior Ndadaye nombró a Ntaryamira Ministro de Agricultura.
En octubre de 1993, Ndadaye y sus dos principales colaboradores fueron asesinados, lo que provocó un bloqueo parlamentario y la guerra civil. Nteryamira fue elegido presidente el 5 de febrero de 1994 como solución de compromiso; era un Hutu, pero considerado moderado en la tradición de Ndadaye, mientras que Anatole Kanyenkiko, una figura del Uprona, fue nombrado primer ministro.
Esta solución duró poco tiempo, ya que el avión que conducía a Ntaryamira y al Presidente de Ruanda, Juvénal Habyarimana, también Hutu, se estrelló en circunstancias aún no aclaradas cuando iba a aterrizar en el aeropuerto de Kigali, colisión en la que ambos murieron. Estas muertes provocaron el genocidio de Ruanda.
El 8 de abril, Sylvestre Ntiybantunganya presidente de la asamblea nacional y colaborador durante mucho tiempo de Ntaryamira tomó el poder.