Graduado en la Academia Militar de El Cairo, participó en la guerra con Israel en 1948 donde adquirió gran prestigio entre su pueblo. Se integró en el Movimiento de Oficiales Libres (MOL) dirigido por Gamal Abdel Nasser. El 23 de julio de 1952 encabezó el golpe de estado que derrocó al rey Faruq I, obligándolo a abdicar en favor de su hijo menor de sólo seis meses Fuad II. Naguib fue nombrado comandante en Jefe del Ejército y colocó a los miembros del MOL en los distintos puestos de dirección militar. En noviembre del mismo año fue nombrado primer ministro y miembro del Consejo Real, mientras Nasser ejercía como ministro del Interior.
Cuando el 18 de noviembre de 1953 se proclamó la República, Naguib fue nombrado Presidente. Más tarde, en 1954, Naguib fue acusado por Nasser de apoyar a la facción islámica Hermanos Musulmanes que había sido proscrita y de abrigar ambiciones dictatoriales. En la pugna entre Nasser y Naguib por el conrol del ejército, venció éste último y Naguib abandonó la Presidencia. Fue sometido a arresto domiciliario hasta 1960.